許多疫情前台灣直飛的日本航點，疫後尚未恢復，從成田、羽田、大阪關西等一線城市航點轉機，成了造訪這些城市的方便法門。日航目前每日有2班往返「台北松山-東京羽田」，其中JL96/JL99為早去晚回航班，旅客在羽田機場可銜接綿密的JAL日本國內線，前往日本全國地方城市，也可在東京轉機飛往歐美城市，並且提供每週4班早去晚回往返「台北桃園-東京成田(JL802/JL809)」飛航服務。
2022 ITF旅展期間，日航推出台北飛日本全國城市，來回機票未稅7998元起，更主打「日本國內線航段0元！日本線轉機停點費0元！」優惠，2022年11月1日至2022年11月8日期間，可透過日航官網或各大旅行社購買。
礙於航空燃油附加費高漲，一次來回飛行約在新台幣8、9千元左右，日航此次推出「買國際、送國內」優惠，用自身擁有綿密日本航點的優勢，彌補高燃油費的劣勢，讓喜愛深度遊日本的玩家，可安排國內城市秘境賞楓、雪場滑雪等主題遊程，一次兼玩兩城。
日本航空自2018年起，連續榮獲評鑑機構SKYTRAX評等為「5星級航空」，並以完善的防疫安全措施，在2022年榮獲評鑑機構APEX認證為世界頂級航空，為日本唯一獲此殊榮的航司。對赴日旅遊有血拚需求的遊客，日航國際線經濟艙每人可免費託運2件23公斤行李，商務艙可免費託運3件32公斤行李，也是吸引旅客選擇日航的亮點。
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