根據農業部統計，農作物損失總額高達6億9486萬元，受害面積達9067公頃，平均損害程度為30%，相當於有2750公頃農地收成全失。損失最嚴重的作物依序為香蕉、文旦柚、竹筍、柳橙及椪柑。其中香蕉受災面積1098公頃，損失達1億3022萬元；文旦柚損失也有1億2107萬元。
在縣市災損部分，目前以嘉義縣最嚴重，損失達4億7755萬元，占全台損失近一半，其次是台南市2億6053萬元、雲林縣2億4566萬元、屏東縣1082萬元。此外，畜產部分也損失1035萬元，以雞隻死亡最為明顯；漁業損失則有1億8375萬元，其中牡蠣養殖損害最大。
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民間農業設施部分，損失總計約1億1631萬元，主要集中在溫室、塑膠布設施及畜舍等建築。農業部表示，未來將持續彙整各地災情，並研擬後續補助與復耕計畫，協助農民早日恢復生產。
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