未來台南捷運紅線原本規劃將與高雄捷運紅線在高雄大湖區銜接，但據中央社報導台南市政府交通局表示，因高雄市政府考量兩市採用捷運系統型式不同，以及民眾搭乘便利性，協調後雙方境內將採用各自系統作業。
因此，台南捷運紅線可行性研究報告中，原本規劃設置10座車站及1座機廠，其中6個站點在台南市，分別是大林站、南台南站、仁愛里、台南航空站、奇美博物館、嘉南藥理大學，高雄境內4個站點將取消。將終點由原本規劃的高雄大湖R10站，修正至台南嘉南藥理大學R6站，未來再由高雄市府研議岡山路竹延伸線往北延規劃。
高雄市捷運工程局則表示，整體高捷路網已規劃岡山路竹線再往北延伸至奇美博物館（奇美線）、台南高鐵站（沙崙線）等2路線銜接台南，將服務高雄、台南間產業聚落及生活圈。雖目前台南捷運決定不進入高雄，但高雄立場是「現在銜接不成，未來也會串接」。
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