疾管署統計，近7日(9/26-10/2)每日平均新增35例COVID-19本土確定病例(併發症)，較前7日(9/19-9/25)之每日平均新增33例略升。近7日(9/26-10/2)平均每日新增4例死亡，較前7日(9/19-9/25)之每日死亡平均數5例略降。
疾管署進一步說明，國內近期COVID-19疫情雖處低點，惟有略升趨勢，推估預測COVID-19疫情於10月中旬後逐漸升溫，鑒於國內外COVID-19疫情仍持續且以XBB為主流病毒株，為提升國民對抗主流病毒株之免疫保護力，現已開放65歲以上民眾及醫護人員接種，預計將自10月11日起開放滿6個月以上全民接種。
莫德納XBB.1.5新冠疫苗自9月26日起優先開放65歲以上接種，10月2日接著開放醫護人員接種，疾管署統計，目前已累計接種8萬多人次。全民開打時間延後到10月11日，主要是讓醫療院所和衛生所有充分時間準備。
疾管署近四週監測總計，本土檢出病毒株XBB (98%)為主流株，重點變異株以EG.5 (43%)為多，其次為XBB.1.16 (10%) 及XBB.2.3 (9%)。 WHO表示 XBB等變異株具較佳傳播力及適應力 ，為目前主流變異株。
截至今(2023)年10月1日，依全球共享流感數據倡議組織(GISAID)資料顯示，全球XBB及其衍生變異株占比約97%，其中以EG.5為多(47.3%)，WHO於9/21更新該變異株風險評估，基於變異株疾病嚴重度未明顯增加，評估對全球造成公共衛生風險為低。
疾管署提醒，民眾除完整接種疫苗減少感染及重症風險外，也要注意落實手部衛生及咳嗽禮節等衛生好習慣，年長者或免疫低下者外出時，或於人潮聚集且無法保持適當距離或通風不良之場所、與年長者或免疫低下者密切接觸時，建議要戴口罩維護自身健康。
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