台南市長黃偉哲表示，為避免影響農民耕作權利，除園區周界設立隔離綠帶外，同時加大有機農民的耕作區隔範圍，最高至130公尺以上。園區保護生態方面，則以「迴避」、「縮小」、「減輕」、「補償」等原則作生態檢核，將保留2公頃的塊狀綠地，提供棲地復育及棲地補償。針對現有造林環境，亦規劃原地保留部分喬木，篩選種植誘鳥誘蝶樹種，營造生態棲地。
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此外，市府將南沙崙農場46耕區的15公頃用地，規劃作為樹木銀行，以供喬木區外的移植使用。即園區的既有喬木一顆都不砍，不是原地保留，就是區外移植到台糖土地上。
經發局局長林榮川說，開發申請期間，會持續與在地鄰里做溝通，目前有接獲當地「大武崙綠能園區促進會」及多位里長提送約1200份「要環保也要發展」支持聯署書。本於支持地方心聲，再次研討縮小規模、降低三分之一開挖填土量與加強改善淹水防洪設施，雖提高開發成本，希望盡力維護當地自然景觀，在經濟發展與環境生態下共創雙贏。
經發局表示，園區排水系統方面，將考量環境營造兼顧防洪減災，導入低衝擊開發設計理念，將基地淹水補償體積納入滯洪體積計算，不致增加港尾溝溪之排水負荷。另為了降低空氣污染環保衝擊，將引進低污染、排除具有管道排放、符合健康風險評估無關聯原則產業為主，鼓勵業者多加使用電動車及餐飲業加裝防制設備，共同為保護環境盡份心力。
