邱仲峯於今年3月底捲入緋聞案，女方為義守大學生技系教授楊智惠，亦是北醫大創新前瞻中心顧問，消息曝光後，邱閃辭院長職位，但仍繼續擔任放射腫瘤科主治醫師，事件爆發後1個多月來，邱並未出席任何媒體公開場合，今登台演說時神情略顯疲憊，開口時語調也沒有事件前的意氣風發，略顯猶豫和低調，但隨話題深入質子治療領域，再度展現出自信與果決的專業特質。
今邱仲峯以質子治療在乳癌相關治療的應用為題進行公開演說，並分享北醫附醫質子中心成立後的成果，邱指出，北醫附醫從去年8/1開始正式使用質子治療，至今有高達24%是乳癌病患，而光子治療時代至今，要再進步機會有限，但粒子治療還有有10到20年的未來性，還會不斷有新技術、新適應症可能出現。
邱仲峰解釋，心血管疾病是乳癌病友最大的挑戰之一，以放射治療來說，技術上已經不是困難，如何能夠更清楚標示出與心臟血管有關的部分是現在最重要的要務之一，一項高達6萬多人的研究顯示，從診斷到第10年起，乳癌已經不是最高死因，放射治療時對心臟的平均劑量每增加一個等級，往後心血管疾病的風險會增加7.4%，如果治療後才回溯性預防，就已經為時已晚。
針對質子治療優勢，邱仲峯說，質子到一定深度才會有反應，反應完立刻衰退，因此對一般組織的影響相對小，其特殊的物理特性、生物特性，使其變成對抗癌症更好的武器，目前世界已經有108部質子治療設備運作中，全世界接受質子治療的患者數也突破式的上漲，更有眾多論文工作還在持續進行中。
邱仲峯表示，目前針對年輕、40歲左右，病變發生於左側，有心肺疾病者，會主動告知有質子治療此一選項，每個病患都會跑過質子治療與光子治療後的預測圖，可以明顯比對出差異性，讓病患有其選擇依據，心臟劑量可降低85%、對側乳房劑量降低85%、肺部劑量降低50%，美國放射腫瘤協會公布的適應症則包括雙側乳癌、有心肺疾病、第二次放射治療等，內容還在逐步增加當中。
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