陳建仁自中研院借調擔任行政院長，因沒有辭去中研院職位，被外界狠酸貪圖49萬元月薪，吳明賢2度發聲力挺陳建仁的3項學術貢獻，說明台大烏腳病研究由陳拱北和曾文賓帶領，代代傳承，至陳集大成，且在世界大放異彩，特別是砷的研究，結果這番言論竟引來大批網友留言攻擊。
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痛批台灣政治不該沒是非
吳明賢接受《壹蘋新聞網》專訪時說，學術有其標準，真假很容易認定，台灣烏腳病之父是王金河，他從未說是陳建仁，在網路盛行時代，有些人就是會為了特定立場去移花接木，或只選擇相信自己相信的東西。
「眼睛不要只看到顏色、立場和利益，而沒有是非」，吳明賢直言，某些人為了政治目的成立網軍，在選舉中吃到甜頭，覺得這種抹殺人格的方法很有用，但他不希望台灣的政治走到此地步，「把政治玩成這樣，民眾也有一定責任，什麼樣的選民，就會選出什麼樣的政治人物」。
評鑑出國禁令引反彈
疫情趨緩，今年已恢復醫院評鑑，吳明賢上周一(4/17)對院內同仁發信稱，因應5月至7月評鑑作業期間，「除因公務需要或參與國際會議並擔任演講者外，其餘各類出國，原則均暫緩至評鑑完成日止」，結果引發強烈反彈，直到上周三才由人事室發布公告、撤除出國禁令，不過台大醫院企業工會認為，吳仍欠全體辛勞同仁正式道歉。
對此吳明賢於接受專訪時稱，當初發出第一封信，原因是單4月即有超過百人出國，照理醫師出國開會都會核准，但這次人數比以往多很多，人事主管才提醒他，惟用字遣詞不夠精確，才引起大家誤解，也趁這機會向同仁說聲抱歉。
吳明賢強調，沒有禁止同仁請假或出國，這是同仁的權利，而是提醒公務員出國須按規定請假，公家機關也有規定出國人數比例，不可能3成的醫師都出國，公家單位要依法行政，應有合情合理的管理。
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