新冠肺炎疫情期間，各項經費、管制措施多以《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》為法源依據，但相關規範預定於今年6/30失效，屆時將回歸《傳染病防治法》規範，衛福部故為此展開2階段修法，且第1階段修正內容已在3月初送入行政院審議，包括相關管制措施，如隔離、檢疫、通知相關內容，徵用、疫苗採購等，也會在第一階段處理。
然而，至今距離特別條例屆效只剩3個月，今薛瑞元出席衛環委員會、參與逐條審議《再生醫療製劑條例》會議，在休息時間接受媒體聯訪指出，行政院已經針對疾管署提出的《傳染病防治法》草案審過一輪，但還有部分內容要酌修，因此可能會再開一次會，之後可能就可以送入院會、立法院審議。
薛瑞元說，想趕上6月底的時限要拚拚看，也要視立法進度，想在政院版出來後的1到2個月內處理完，真的有點趕，但還是希望來得及，不過以現況來說，如果疫情保持穩定，對指揮中心、新冠肺炎疫情管制不見得會有太大影響，目前隔離、檢疫等措施目前逐步解封，若沒有出現特殊的變異株、導致相關措施需要重啟，基本上不會有太大問題。
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