趙少康透過臉書指出，根據美國資料，「採用唾液PCR比鼻咽PCR檢查更準確」，而目前中國要求自台赴中旅客需提供登機前48小時PCR檢驗報告方可登機，但台灣一般醫院只提供「鼻咽PCR檢驗」，不提供簡單快速的「唾液PCR檢驗」，一次要花費3500至4500元、耗時1至2天，特急件要價7000元，勞民傷財又痛苦、耗時，讓春節後規劃前往中國的台商怨聲載道。
趙少康質疑，既然為了要保護國人，入境都可以採用唾液PCR檢查，出境為什麼不能同樣用唾液PCR，而非要用深戳鼻子的鼻咽PCR？一萬人平均就要4000萬，10萬人就要4億，衛福部大費周章到底要圖利誰？為什麼不積極推廣採用唾液PCR篩檢，而要折騰眾多欲搭機的旅客？
針對趙少康的指控，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞解釋，針對PCR準確度，過去統合性研究顯示，「鼻咽PCR準確度略優於唾液PCR」，唾液PCR建議用於定期篩檢、普篩、廣篩等情境，犧牲一些準確度，以快速執行檢驗。
至於PCR檢驗費用部分，羅一鈞說，民眾自費PCR檢驗採檢部位以鼻咽或咽喉為原則，價格則屬自費市場，由機構自行訂定後、回報縣市主管機關核准，因此沒有圖利一事，且若民眾自費篩檢若不願進行鼻咽PCR，希望檢驗單位改以唾液PCR，院方也會依據民眾需求來改變採檢方式，沒有問題。
指揮中心也澄清，民眾前往部分國家需事先進行自費檢驗，係因入境國家之規定要求進行，我國並無要求出境旅客均需進行PCR檢驗，且其數自費市長，自費檢驗費用經檢驗機構訂定後，須經所屬縣市主管機關核定並公布，強調絕無｢衛福部要圖利誰」一事。
此外，羅一鈞提到，其實用唾液做PCR，成本上並不會比鼻咽更便宜，因鼻咽檢體比較純，可將多支檢體混合、以池化方式進行檢驗、減少成本，而唾液則比較雜，可能含有口腔碎屑、食物殘渣等，前置處理較麻煩、耗時，因此不適合池化檢驗，只能一支一支檢驗。
且指揮中心也補充，依據針對多項研究之統合性分析結果，及近期瑞士發表針對Omicron的前瞻性臨床試驗，仍顯示鼻咽PCR之敏感度略優於唾液PCR，並建議唾液PCR用於定期追蹤採檢、大規模篩檢（例如入境旅客於機場例行之篩檢）或無法執行鼻咽／咽喉採檢等情境較適合，國內多數專家亦認同前述作法。
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