新冠疫苗接種後不良事件通報，莫德納BA.1次世代疫苗自9月24日開打至今，累計通報12例死亡，薛瑞元說明，死亡原因是否與疫苗接種相關仍待進一步鑑定，若以心包膜炎或心肌炎引起的死亡，其實沒有。
此外，薛瑞元也意外自爆有自體免疫疾病家族史，「我不怕講出來」，郭董說他母親想打BNT次世代疫苗卻沒貨可打，而他打了4劑高端疫苗，原因是他有免疫疾病，抗核抗體(ANA)檢測陽性，為避免接種疫苗可能引發自體免疫疾病，所以才選擇高端。
然而，目前高端疫苗已經不再生產，薛瑞元坦言，如果繼續打，勢必要轉換疫苗，可能選擇NOVAVAX，它也是相對安全的次單位蛋白疫苗，「轉換疫苗未必是危險的」，原先BNT疫苗接種者改打莫德納次世代，不見得比他轉換風險更大。
薛瑞元表示，每人有選擇疫苗的原因，但也要做整體考量，不會基於個人因素而去要求政府，比方說要求高端疫苗繼續製造，「沒有，高端疫苗已經停產」。
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