日前外界質疑「疾管署幫高端做保護力報告」形同「政府幫高端趕作業」，薛瑞元表示，疾管署不是「幫高端」做保護力報告，而是因為現在已經進入次世代疫苗時代，故針對國內先前已經開打的單價疫苗做統整、把資料整理好，以了解各個不同疫苗的保護效力是怎麼樣，「不是針對高端，而是對國內所有有施打的疫苗做真實世界的資料分析。」
薛瑞元強調，該份報告不是為了高端而做，只是高端審查委員會審查要求提出保護效益報告，剛好疾管署有資料，當然要提出來供委員參考，才能讓委員確認緊急授權是否可以接受，過程中包括高端自己做的資料、某醫學中心報告、疾管署報告等都很重要，「不是為高端做出這份資料，其他國家也有這樣針對國內施打的疫苗做綜合分析。」
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