定序結果，醫療應變組副組長羅一鈞表示，上一周定序完成160件，其中有128件是BA.5，占比8成左右，北中南東站比6成6到8成5，居於絕對多數，全國BA.5是主流病毒株，大概占定序件數3分之2以上，剩下20%屬BA.2，還沒有在這周驗到有新的BA.4等，北中較多，不過趨勢看來，與其他國家相同，BA.5會持續攀升，BA.2越來越少。
指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，BA.5目前全國佔比80.6%，新增確認是BA.5的兒童腦炎，為8/31曾公布的2歲男童，無慢性病史，也無接種疫苗，於8/27號出現發燒、腹瀉症狀，做家用快篩顯示陽性，隔天出現疲倦、活力食慾下降的情況。
羅一鈞說明，這名兒童是8/28到急診室就診，高燒達40.6度，也有持續性全身抽搐30分鐘，緊急做腦部斷層後，發現有腦水腫的情況，懷疑是腦炎，於是在急診室就給予瑞德西韋、類固醇、免疫球蛋白，以及降腦壓藥治療，並於29日轉入加護病房治療，日前已出院。
新增128例BA.5本土個案
新增293例Omicron亞型變異株確定病例，分別為159例本土個案(128例BA.5、31例BA.2)及134例境外移入(3例BA.4、112例BA.5、11例BA.2.75、8例BA.2)。截至目前國內今(2022)年累計檢出之Omicron亞型變異株境外移入確定病例：BA.5為915例、BA.4為91例、BA.2.75為27例、BA.2為991例；另累計558例BA.5、4例BA.4、2,482例BA.2本土確定病例，尚無BA.2.75本土確定病例。
指揮中心指出，今日新增之128例BA.5本土個案，占上週所有已定序之159例的80.5%，為53名男性、75名女性，年齡介於未滿5歲至90多歲，分布為北部70例、中部32例、南部20例、東部6例，確診日介於今年8月28日至9月16日。
BA.5已121國通報
指揮中心表示，針對國內境外移入之BA.4、BA.5及BA.2.75個案，為84例男性、50例女性，年齡介於未滿5歲至70多歲，入境日介於今年8月26日至9月16日。其中檢出BA.4個案分別自越南、美國及澳大利亞(各1例)；BA.5個案分別自越南(33例)，美國(11例)，泰國(9例)，印尼(7例)，馬來西亞(6例)，韓國及柬埔寨(各4例)，緬甸、德國、加拿大、新加坡、菲律賓、義大利及日本(各3例)，香港、英國、法國、荷蘭及奧地利(各2例)，瑞士、西班牙、葡萄牙、澳大利亞、土耳其、匈牙利及瑞典(各1例)；BA.2.75個案分別自印度(4例)，泰國(2例)，新加坡(2例)，緬甸、印尼及加拿大(各1例)移入。
指揮中心說明，世界衛生組織(WHO)於今年9月21日資料指出，BA.5變異株現為全球主流株，占比為76.6%，另BA.4變異株占比約為7.5%，迄今至少121個國家通報BA.5變異株感染病例，已於歐美及亞太多國廣泛傳播，造成病例、住院及重症數增加；隨病毒持續演化，BA.5變異株分支(BA.5.X)型別及病例數持續增加，其中以BA.5.2、BA.5.2.1為多，需持續追蹤監測。依現有研究顯示，接種加強劑疫苗對BA.5變異株仍具保護力，且為預防住院、重症及死亡之有效方式，呼籲符合條件對象加速完成接種疫苗。
BA.4及BA.5傳染力高
指揮中心強調，依現有研究顯示，BA.4及BA.5致重症機率尚無明顯增高，但傳染力已提高，仍需嚴密監測。為加強本土個案Omicron BA.4、BA.5等變異株病毒監測，指揮中心已增加本土個案變異株型別檢驗及定序比例，並著重於COVID-19兒童腦炎等重症及重複感染個案呼吸道樣本基因定序作業，另規劃以現行呼吸道病毒合約實驗室監測網絡加強社區中個案之監測。
指揮中心呼籲，接種COVID-19疫苗可降低因感染COVID-19造成之重症、住院或死亡風險。民眾仍須落實勤洗手、戴口罩等個人防疫措施，並儘速完成疫苗接種，以獲得保護力。
