(新增：指揮中心回應)
國內4到6月Omicron本土疫情主要流行病毒株為BA.2.3.7，中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞先前報告指出，基隆小吃店、大潭電廠、台中婚宴群聚等序列皆屬BA.2.3.7，兒童重症定序結果也大多是BA.2.3.7。
三總今年4到6月本土疫情期間收治了6位兒童確診併發腦炎重症，年齡介於1到17歲，都沒有接種新冠疫苗，經病毒全基因定序，發現皆為BA.2.3.7病毒株且帶有K97E突變位點，三軍總醫院臨床病理科主任商弘昇表示，這是國際上首次為兒童新冠確診併發急性腦炎找到致病的突變位點。
商弘昇進一步說，依據相關研究，K97E這突變位點可能讓病毒更容易干擾被感染者的免疫系統，進而誘發免疫風暴，演變成急性腦炎或全身系統性的發炎疾病。日本及香港在相同疫情階段，雖然也有小兒染疫後併發急性腦炎、熱痙攣的臨床報導，但直到三總此次研究結果才找到解答。
三總小兒科部主任、小兒神經學科專家陳錫洲則說，從三總收治的重症病童中可見到多樣發炎指數異常升高，代表病童全身性免疫系統被高度激發與活化，雖然這些病童中樞神經系統中暫無病毒感染的證據。
三總此次研究成果已刊登於國際感染症領域知名期刊「International Journal of Infectious Diseases」，未來擬與國衛院及國防醫學院預醫所進行此突變位點(K97E)更多致病相關機轉的試驗分析。
國內12歲以下兒童重症，今年已累計31例腦炎，其中2例發生於BA.5本土疫情升溫後，陳錫洲指出，相較於上一波BA.2.3.7疫情產生的兒童腦炎個案，原本多為身體健康，最新2例發生在BA.5疫情升溫後的兒童腦炎，個案本身就有疾病史，推測波兒童腦炎的致病因子不同。
商弘昇也表示，最新2例兒童腦炎個案並未找到K97E突變位點，未來會持續針對BA.5疫情間的兒童重症個案進一步做全基因定序，是否有其他位點會引起腦炎，有待後續研究。
在指揮中心今下午記者會上，羅一鈞也說明，目前12歲以下兒童重症共206例，其中腦炎佔31例、15%，其中死亡共12例，不過本波腦炎個案是否會像上一波一樣增加那麼多，目前還在觀察中，而三總今公布新研究，則是說明上一波BA.2疫情中的6個小朋友個案病毒序列。
羅一鈞也說，該研究中個案都是感染BA.2.3.7，即是BA.2的細分支之一，且帶有K97E的突變，研究上看起來，腦脊髓液沒有病毒核酸反應，但有免疫風暴的細胞激素上升情況，推測可能是藉由誘發過度免疫機制引起腦炎，但香港的腦炎個案當時並不具有K97E的突變，因此研究還有待更進一步的試驗，以證實該突變對於免疫系統調節與神經系統入侵的關聯。
