陳時中近期頻被質疑在去年為護航高端疫苗，阻擋民間購買進口BNT疫苗，陳時中日前反問「我是瘋子嗎？為什麼要擋疫苗？」而柯文哲在臉書直言，新冠疫情肆虐快3年了，一個有良心的政府，絕對會把老百姓的性命放在第一位，不會有二心或第二句話。
柯文哲指出，去年5月，台灣疫情爆發、疫苗短缺，當時的防疫指揮官陳時中說，因為有人阻擋、「買不到就是買不到」，於是鴻海、慈濟、台積電、佛光山等民間團體，開始熱心協助政府到國際上採購。
鴻海也向指揮中心提出捐贈BNT的申請，但陳時中一下否認鴻海申請、一下又說一定要「原廠授權書」，使出各種技術性阻撓。
綠營側翼還加碼說，上海復星代理的BNT，是香港人不打、快過期的瑕疵品，要是打了出問題，誰負責？但疫苗總不能只靠友邦零星捐贈，眼看新冠肺炎死亡的人數愈來愈多，各方壓力下，月底中央政府才核准慈濟、鴻海、台積電共同捐贈1500萬劑BNT疫苗，幫助國人撐過危機。
柯文哲說，記得第一批BNT抵台，陳時中還去接機，留下一張照片，左邊是台積電慈善基金會董事長張淑芬女士，右邊是慈濟基金會顏博文執行長，陳時中站中央，指揮中心也在記者會宣布「這是政府民間通力合作」的結果。
但什麼叫政府與民間通力合作? 原來是疫苗落地，要先把「復必泰」布條扯掉才能簽收，現在又為了護航陳時中，慈濟也打成中共同路人，真的不要為了政治利益，在國人之間製造敵人，購買疫苗不該是需要封存30年的機密，更何況真相總有一天會大白。
另針對台北市沒有自購疫苗，柯文哲說，因為數度函詢、拜會中央，指揮中心說，中央已經「買很多」，地方不要自購，就算買到，也要交給中央統籌分配。幾經討論，北市才決定放棄。
根據2021年11月24日中央回函：衛生福利部疾病管制署已與美國Moderna公司簽署2年共3500萬劑COVID-19疫的的供應合約，包含2022年至2023年次世代疫苗。眼看秋冬BA.5大流行在即，請問指揮中心，足以抵擋新變種病毒的次世代疫苗在哪裡？
