東日本鐵道公司表示，2日上午，上越新幹線的越後湯澤站至新潟站區、北陸新幹線的長野站至金澤站區間將暫停運。
而東日本鐵道也表示，1日下午強震發生後，東北新幹線、上越新幹線、北陸新幹線相斷停運或延誤，已對大約6萬3900人次造成影響。
強震也造成航空交通受到影響，石川縣往返新潟縣、山形縣和東京、大阪的航班合計至少9次停飛。其中，石川縣能登機場受地震影響，跑道和航站大廈無法正常使用，4個航班全部停飛。
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