中運也澄清，工會所提256億元是收入，不是獲利，1.4億元也過多，船員平均年資不到5年，何來欠15年。
中運提出四點說明如下：
1. 船員法為勞基法之特別法，中運公司比照其他航商作法，依據船員法相關規定進行船員退休金提撥，其中《船員法》第 2 條規定船員「薪資、航行津貼、固定加班費(不低於85小時)」屬於「薪津」，中運公司皆已納入退休金計算。
有關「特別獎金」項目，船員法立法時即說明船員在船上工作性質與陸上工作性質差異甚大，國際上對船員之報酬除薪資外，多以航行津貼、固定加班費予以補償，船上偶有臨時性工作則以特別獎金發給，故於《船員法施行細則》第 3 條規定非屬經常性給予，不計入退休金提撥。
2. 曾於中運公船隊擔任機匠的黃姓員工退休金爭議乙案，肇因於勞基法及船員法之法規適用疑義。勞動部勞保局認為「特別獎金」項目應列入退休金提撥，中運公司係依法提起行政訴訟，以釐清疑義，並已依行政法院判決定讞之補繳金額完成數千元補繳作業程序。有關「特別獎金」是否屬於薪津項目，除行政法院有相關判決外，目前民事法院二審有9例判決均認為中運公司船員「特別獎金」非屬薪津項目，中運公司現行依據船員法計算退休金應屬適法，並未如中運企業工會指稱有違法情事。
3. 薪資級距為投保勞保、勞退、健保三保的依據，中運公司船員「特別獎金」是否屬薪津項目涉及薪資級距的調動，不僅連結船員退休金計算，且將影響各項保險的提撥額，如任意調整薪資級距對於現有員工恐造成不公平，甚至可能加重員工負擔，中運公司將待民事法院判決確定，在法律上有明確基礎後方據以執行。
4. 本案爭議肇因於法規適用疑義，中運公司會在遵照法律、符合公司治理及兼顧員工、股東權益的前提下，積極與中運企業工會尋求合理的解決方案，且已於今年11月27日的勞資會議上，與中運企業工會共同尋求對船員最適宜方案之討論，並準備啟動協商作業程序。
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