較受到矚目的人事案為前行政院副院長沈榮津(現為台灣金控董事長)核心幕僚、經濟部技監鄒宇新曾於擔任行政院副院長辦公室主任時捲入桃色緋聞，升任產業發展署副署長。另外工業局現任副局長楊志清轉任經濟部主任秘書。因應業務延續性，多數職務由組織調整前單位主管及機關（構）首長續任。
原加工出口區管理處將結合工業區業務，改組為產業園區管理局，原來的台中、中港、屏東、高雄等4個分處，改制為台北、台中、台南、高屏等4個分局。產業園區管理局局長由經濟部加工出口區管理處長楊伯耕續任。
商業發展署署長由原商業司司長蘇文玲陞任，標準檢驗局局長由原經濟部主任秘書陳怡鈴陞任，地質調查及礦業管理中心主任由原礦務局副局長徐銘宏陞任。產業發展署署長連錦漳、國際貿易署署長江文若、能源署署長游振偉、中小及新創企業署署長何晉滄、水利署署長賴建信、智慧財產局局長廖承威均為組織調整前機關首長續任，經貿人員培訓所所長由經濟參事李旻禧續為代理。
內部單位部分，「綜合規劃司」由原研究發展委員會、秘書室新聞科、新媒體小組等單位整併；「產業技術司」由原技術處更名；「投資促進司」由原投資業務處更名；「投資審議司」由原投資審議委員會改制成立；「國營事業管理司」由原國營事業委員會改制成立；「經濟法制司」由原法規委員會及訴願審議委員會整併。
綜合規劃司司長由研究發展委員會執行秘書莊銘池調任，產業技術司由技術處處長邱求慧調任，投資促進司司長由投資審議委員會執行秘書、投資業務處代理處長張銘斌調任，並代理投資審議司司長。
國營事業管理司由國營事業委員會組長胡文中陞任副司長並代理司長，經濟法制司司長由法規委員會執行秘書兼訴願審議委員會主任委員羅翠玲調任，資訊處處長由資訊中心主任林聰仁調任，秘書處處長則由總務司司長魏士綱調任。
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