數位部設計有嚴密的資料保護機制，包括資料傳輸全程加密、使用資料須獲得授權、資料存放以加密方式儲存等，且在普發現金專案執行結束後一個月（預計在2024年2月底前），本次蒐集到的相關個人資料會立即刪除，絕不保存。
財政部表示，過去類似政府專案，請民眾輸入身分證字號及健保卡號，跟辦電信門號要帶雙證件的道理一樣，系統會檢核健保卡號與身分證字號的匹配性，若兩組證件號碼非屬同一人，將拒絕登載資料，保護民眾申領6千元的權益，防止有心人士偽冒他人證號而盜領款項。
此外，這並非第一次搭配健保卡號協助辨識身分，像是1922疫苗預約平台，疫苗施打登記以身分證字號加上健保卡號做為預約登入；使用手機申報綜所稅，以行動電話認證登入要使用身分證字號加上健保卡號搭配手機號碼做為身分確認登入；孩童防疫家庭補貼也是與這次普發現金專案一樣，要輸入身分證字號與健保卡號。
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