2016年，當時行政院長林全找謝曉星接掌原能會，那年謝曉星從中山大學借調受邀入閣，當時謝曉星在上任前夕，就大聲疾呼：「非核家園是民進黨的政策目標及全民共識；民眾也要有缺電的心理準備，未來電費調漲，要甘之如飴….」講得很大膽，也相當直白。
謝曉星曾說，他在台灣教書這麼多年，之前不論藍綠執政都沒找過他，他其實對民進黨一無所知，「心想民進黨新政府不可能找我」，他曾跟林全說，如果有更合適的人選，千萬不要找他。他能做的就是知無不言，言不無盡，他也知道原能會是個冷衙門，希望原能會可以隨著時代變化，進行任務調整，廢核是民進黨政府的既定政策，未來只要和綠能相關的都要做。
上任之後，謝曉星曾為了原能會的政策多次與媒體「大聲討論」，幾乎可以用吵架來形容，對於外界關心的重大核安議題，他多次親上火線回答記者尖銳問題，出席立院備詢時，面對立委也同樣維持他一貫的直球對決不避戰態度，數度在質詢台上和立委們有言語激烈交鋒。
熟悉謝曉星的人指出，雖然他是很認真的主委，但和人互動時缺少EQ，因為是學者性格，凡事都想說服對方，因此常會迸出一些火花。
謝曉星坦承，自己平時嚴以律己也嚴以待人，原能會員工就常反映，在他手下工作充滿壓力，他要求速度又要求完美，「情緒起伏真的很大！」
謝曉星在上任之前曾說：「是時候讓原能會敞開心胸了！」希望可以將說真話、就事論事的風格帶到原能會，這次他被週刊爆料性騷及霸凌員工後，接下來對他的考驗是：能否對員工敞開心胸，讓員工真正感受到他是「對事不對人」。
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