數位發展部成立後，民眾對於其民主網絡司、多元宇宙科等組成充滿好奇，數位部預算達211億元、5成員工採約聘雇，外界也質疑部會是否會變成網軍中心，而前政務委員郭耀煌是數位部的重要推手。
對此，他今在臉抒發文澄清：「有報導副標題提到我說預算高、預算多，多元宇宙科太抽象，此非我的發言，先予澄清。」他表示，數位發展部預算是否偏高，必須視其要執行的業務和計畫而定，由立法院審議，他並不了解詳情，也未發表過個人看法。
另外，有關數位發展部之人力配置和部門設計，在他交出籌備召集人職務後，所做的調整，他也未參與，更無從也未曾表示意見。他再提及，數位發展部是各界所期盼的新部會，應該得到祝福和支持，自然它也要接受各界的監督。
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