陳智菡發文表示,審判獨立乃自由民主憲政秩序權力分立與制衡之重要原則,為實現審判獨立,司法機關應有其自主性,但在柯文哲案交叉詰問證人邵琇珮的法庭上,卻聽到法官說「這個在上級審也有想了解的部分」。
這讓陳智菡困惑「不是還在一審釐清案情嗎?怎麼突然跳到上級審去了?」並質疑「難道在三位承審法官背後,還有一堆上級法官在聯合指導辦案?」還是有很多法官開始摩拳擦掌、在準備柯案二審程序?直言「柯文哲案庭愈開愈多,法官角色似乎逐漸和檢方重疊甚至混淆。」
而邵琇珮為何明明一再供稱「並沒有『明知違法』而為之,最後卻認了罪?」這一題被審判長制止發問,陳智菡質疑,為何不能問?邵琇珮的自白是本案認定相關被告是否有「圖利」關鍵,「既然證人多次在法庭上證稱自己沒有圖利的意圖與事實,那追問確認以釐清案情有何不可?法官為何要制止?」
另外,陳智菡也提到昨天兩位法官甚至比檢察官問的還積極,一位問「適法性」為何沒處理?這個邵琇珮反覆回答過了,另一位法官則不斷追問對價性,但明明京華城用的是都市計畫法第24條,許法官卻一直要引用土管辦法來類比,「試問,如果檢方跟法官現在還在搞不清楚是違背哪條法令,是不是已經證明了根本沒有人明知違法而為之?」
另外,「上級審也有想了解的部分」,誰是上級?誰在準備上級審?憲法第八十條規定法官必須依據法律獨立審判,法官僅受法律之拘束,不受其他任何形式之干涉,所謂任何形式,應該包含上級吧,陳智菡強調「法官應唯本良知,依據法律獨立行使審判職權。檢察官則是依刑事訴訟法執行職務,與法官之審判獨立尚屬有間」。

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