針對薄瓜瓜來台，國安局長蔡明彥18日在立法院外交國防委員會備詢時表示，他們不評論個案，以國安角度來說，會依兩部分關切。其一，會關切特定人士來台，有沒有從事一些違異常活動或與他申請來台目的不一樣的活動，如果有的話，會予以來蒐報，給權責單位來處理。另外，若他們從事的是合法活動，有沒有遭到台灣內部的一些陳抗或滋擾作為，去影響到當事人安全或滋擾到社會的安寧。
蔡明彥強調，基本原則就是對於合法活動會予以尊重與保障。對於非法、違常的活動會積極的防範與查處。
陸委會則表示，本案為中國大陸人士依我方規定申請來台團聚，因申請人身分特殊，政府對全盤狀況均有所掌握。針對大陸人士合法申請來台之相關細節，我方主管機關基於尊重當事人隱私，向來不便對外說明，也呼籲各界尊重當事人及家屬希望低調的意願。
海基會秘書長羅文嘉表示，「若有收到相關申請，會按照適用在所有對象的規定，並不會有特別的待遇，『法律怎麼規定、程序怎麼規定，就按照程序進行。』」他強調，「如果有收到申請，對任何人都會是一樣的態度。」
陸委會則表示，薄瓜瓜以大陸人士身分申請「團聚」來台，「本案為中國大陸人士依我方規定申請來台團聚，因申請人身分特殊，政府對全盤狀況均有所掌握」。
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