行政院日前針對立法院三讀通過的《立法院職權行使法》、《刑法》提出覆議案，並提出7大原因，首先是沒有實質討論、過程有瑕疵，違反民主原則；混淆雙首長制，質詢總統違憲；無差別調查民眾，聽證範圍過廣；漠視法律正當程序，違反程序正義；無期限審查人事同意權，空轉政府重要職缺；「藐視國會」定義不明，恣意擴大立院職權；「懷疑」官員虛偽陳述，即可課以刑責。
針對覆議的最新進度，以及立法院是否會在6/18日處理覆議案，行政院長卓榮泰今天於立法院受訪表示，相信總統一定是在很審慎的檢視行政院所送的咨文中，所羅列的所有覆議理由與內容，一定會在適當時間做出決定。到目前為止，行政院還沒有接收到總統府的相關來文，一旦進入到程序，只有完全依照程序，正正當當、自自然然的去面對覆議案。
卓榮泰提到，至於其他的活動，包括黨務他不便多說，但要顧慮到整件事情發生的過程，以及到現在民意的反應；至於立法院程序，「我當然完全尊重立法院所做的任何決定，我也希望有機會、有時間能向委員們更清楚表達行政院的立場」，兩院再度啟動憲政秩序的互動，這也是國人所願意看到的。
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