邱國正今赴立院陪同閣揆陳建仁備質詢，對於國民黨立委馬文君被爆涉嫌外洩潛艦國造資料一事，他坦言本來潛艦國造是好事一樁，真不曉得會弄成這樣，更說黃曙光工作很認真，幾位立委的問政也是他們的工作，沒想到卻弄成這樣，他不樂見，希望事情平和發展。
至於郭璽爆料馬文君不簽保密協議，邱國正則說，機密文件擺在那邊，她去看一定會去簽名，機密會議與會人會簽名，而這個含意是告知這東西要保密，但沒有說講一張紙寫保密協定，國防部在開會時，有時候資料擺在那邊，要簽署保密切結留著，但立法院好像沒有這樣做，就簽名代表。
對於媒體詢問官員簽訂保密協定是否沒有約束效果，邱國正則連忙說不是這樣講，國防部開會都會約束到，不能說哪個人講話不經意、捕風捉影，後面就發展出揣測。對於現在很多民嘴專家的見解，他都予以尊重，也強調不會辯解，但任何一件事情推動，大家都很清楚，只要有保密的都抓得緊緊的，能公開的都公開，沒有私下作業問題。
至於是否查到馬文君在此案的疑慮？邱國正則直言「沒有」，表示馬文君很認真在執行此案，但也說去年初的確有交資料給軍方，後來軍方研判後，有派去跟她說明，說明完之後一樣交給法，國防部予以尊重，他並沒有猜測，哪一個人好像洩密或冤枉，一切由法律做界定，大家比較公平一點。
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