邱太三今於行政院會記者會上表示，陸委會針對小三通做各項評估，原本規畫在清明節辦理專案，但４月份上海疫情一起，帶來封城、航班減量，8月份中國軍演造成雙方情勢緊張，加上中方經濟措施不遵守經貿規則，對台灣造成衝擊影響。
邱太三說，本來認為9月可以規畫，不過因為中共20大召開，中方希望20大之後再來處理；沒想到20大之後，中國疫情再起且爆發白紙運動，導致中國疫情相當程度蔓延開來，引發了金門地區緊張。
他續指，小三通航線是船運，乘客到碼頭後還要到金門機場，這中間相隔好幾公里，不像一般機場中轉，就在原位置不會外溢出來，加上還要搭國內航班，從金門回到台灣來，中間班機未必銜接上，乘客可能在金門四處購買貢糖 酒類，這樣的風險，金門地區民眾認為不應該由他們來承擔。
邱太三說明，地方政府、民代都跟陸委會反映，不要讓金門承擔開放的風險，衛福部、中央流行疫情指揮中心也就此評估金門醫療量能，綜合考量後，才做出這個專案決策。
疫情指揮中心指揮官王必勝在記者會中也表示，中國疫情升溫，現階段不適合開放中轉。
王必勝指出，台商中轉須經過金馬，途中旅客可能有發燒、呼吸道症狀，甚至確診必須留置金門等問題，但金門馬祖各只有一間醫院，金門部分，負壓隔離病房4床、加護病房10床、專責病房23間，馬祖負壓隔離病床2床、加護病房1床、專責病房0床；確診數量只要稍微增加，就會造成當地醫療負擔，衍生後續安置的問題。
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