起訴書指出，林宜瑾從擔任第16屆台南縣議員開始，歷經縣市合併後的第一屆到第三屆市議員，以及轉戰立法院後的第10屆、11屆立委任期期間，涉嫌以人頭助理方式，將非公費助理申報為公費助理及申報薪資，又將公費助理薪資低薪高報等詐領助理費，做為服務處及個人支出所用，不法所得高達1412萬7388元；另外掛名助理部分則構成偽造文書罪嫌。
檢方表示，林宜瑾涉犯貪汙治罪條例「利用職務上機會詐取財物」、刑法「使公務員登載不實罪」，林宜瑾在偵查期間坦承犯行，並分兩次繳回500萬及912萬7388元等15年內所有犯罪所得，得減輕其刑，今天偵查終結，檢方將林宜瑾及黃姓服務處主任「利用職務上機會詐取財物」、「使公務員登載不實罪」提起公訴，黃姓主任被依偽證罪起訴，另外13人獲緩起訴、4人不起訴。
林宜瑾也在臉書發文，稱自己認罪並在起訴前主動繳回所有相關金額，是應該承擔的責任，也還給社會一個交代，28年的民意代表於公於私，都對得起選民與親友，過去制度長年存在模糊地帶，許多辦公室運作產生不當慣例，這不能當作藉口，因此願意承擔錯誤，期待未來制度面有所調整，避免相同案例一再發生，未來將以更謙卑的態度面對社會與司法，盡力彌補所造成的遺憾。
54歲的林宜瑾是野百合學運出身，近年擔任多場民進黨大型造勢場合主持人，曾擔任立委洪奇昌、蘇煥智等人的國會助理、賴清德國大代表服務處主任等，1998年起參選縣市議員選舉，南市合併前後連任6屆市議員，2020年轉戰立委成功，現在是第二屆任期，她個性豪爽、風格嗆辣，基層實力不俗，近年爭議不斷影響風評，這次涉助理費遭起訴，政治生涯恐受挫。
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