三顧公司指控，楊智惠擔任公司董事長期間，涉嫌竊取並洩漏三顧公司的內部營業祕密，並跳槽到超基因公司，因此向檢調檢舉並提告，檢方因此立案偵辦，偵辦期間，楊智惠於2023年6月9日自日本返國時，調查局幹員直接在松山機場空橋等待楊女下機後帶回訊問，當時楊女還指控調查官違法拘提法，向法院聲請提審，法官審理後裁定當庭釋放楊女。
楊女當時跳槽的超基因公司還聲明，該公司早就設置臍帶血及幹細胞等儲存庫，握有上游幹細胞庫，三顧是使用末端已分化完畢的軟骨細胞及纖維母細胞，不具分化或再生能力，投資的樂迦再生也沒有細胞庫，超基因技術遠高過他們，沒有竊取動機或目的。
檢調偵辦期間，傳出台北市調處前中正站組長劉錦勳在拘提前曾邀約楊智惠吃飯，疑有性騷擾舉動，調查局行政調查後拔掉劉的組長職位並調職，但調查局最後認為劉男的性騷擾案不成立。
北檢偵辦楊智惠等人違反營業秘密案1年多後，根據相關證據及證人證詞等證據，認定楊智惠等3人確實竊取並洩露三顧公司的營業祕密，今偵查終結，依妨害電腦使用、背信及違反《營業秘密法》等罪起訴楊智惠及董姓、鄭姓等3人。
