南市府表示，台南市山區以楠西、玉井等區域受地震影響較大，目前由區公所清查，根據民眾通照，由工務局請結構技師進行勘查，屋損鑑定後再貼出紅黃單，目前接獲民眾通報建物毀損，玉井148件，南化13件、楠西196、白河1件、新化1件、官田3件等共約362件。另請環保局協助清運垃圾，社會局確保物資、餐食及生活必需品即時到位，另外不少住戶水關破裂，市府也動員水電志工到場支援等。
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消防局公布的空拍畫面可看出楠西街區有多處房屋半倒、牆壁崩塌等情形，市府盤點公家機關災情，區公所會議室天花板及通風管線斷裂、牆面龜裂，楠西國小天花板掉落，牆壁剝落、鐵門也變形，目前已放寒假不影響上課，衛生所2樓牆壁受損嚴重，顧及安全性，人員都在外面搭棚子辦公，疫苗則調度回林森辦公室。
玉井區部分，有矮房傾倒及大樓樑柱爆裂，均緊急疏散，市府在區公所二樓、玉井國中開設收容中心，玉井國小化育館因冷氣大型風管掉落，評估不宜進入；南化國中小則有水塔倒塌、外牆磁磚掉落、樑柱裂痕等狀況，暫時隔離有危險性區域，評估災損狀況再進行後續處理。
市府考量房屋結構安全，若有顧慮會暫時封閉進行補強，重建部分將於春節後處理，行政院長卓榮泰下午將到楠西區、玉井區現勘災情狀況，立法委員陳亭妃則邀集農業部針對山區蜜棗、楊桃震後嚴重落果勘災，看是否啟動天然災後救助。
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