出軌事件發生後，由家屬所組成的「太魯閣的眼淚」向台鐵提出再次搜索之請求，並於今年2月27日、3月20日凌晨時分偕同台鐵及花蓮地檢署一同返回清水隧道內，結果竟在軌道下陸續發現許多遺骸和遺物，「因為事故當時急於搶通鐵路，不但沒有好好清查現場遺骸，也草率地將事故遺落的物品隨意堆放在隧道的角落裡」，而這些遺骸事後經花蓮地檢署進行鑑識比對，也確認為當初的11名罹難者。
對此，「太魯閣的眼淚」發布聲明指出，他們實在是難以用言語形容內心的錯愕與悲痛，錯愕的是，重大事故竟以如此草率的態度處理後續，另悲痛的是，想到摯愛家人的一部分就這樣被遺忘在暗無天日隧道裡將近三年，他們為此感到相當無措，畢竟原以為死者已完整安葬、入土為安，「那些已蓋的棺、闔上的罈，如今該怎麼辦？」且破碎遺骸在隧道的三年中，還很可能不斷被往來的火車呼嘯而過、彷彿事故天天重演，一想到這痛苦也就再次翻湧而上。
根據《聯合新聞網》報導，一名辦案人員表示，案發後要在一週內找出49名罹難者遺體並進行修復、確認身分，人員可說是已用盡全力，畢竟這真的不是那麼簡單，且如今有家屬夢到罹難者託夢稱「還在隧道裡」，檢警能理解心情、接獲反映後便再次前往清查，但現在時空背景與當年不同，「這次找出的11人遺骸多是小碎骨，當時找到的都是罹難者較完整遺骸。」
