經深入追查，該槍擊案為有組織的犯罪行為，分指揮、共謀及執行3個層級，雖然所有共犯於今年8月上旬開始謀議犯案，製造犯罪斷點，但專案小組逐一釐清槍手及犯罪集團架構，先於12月6日將接應槍手孔祥志的李姓共犯拘提到案，並聲請羈押獲准。
本月14日查獲與全案幕後指揮的「紅龜」洪政軍之好友楊姓共犯到案，並再次拘提曾經以6萬元交保的郭姓共犯。台南地院下午4時30分召開羈押庭，法官裁定郭、楊兩人羈押禁見。
台南地院表示，郭男供稱，他是依照綽號「阿樂」之指示將機車移動位置並擦拭，事前並不知道該機車參與本件槍擊恐嚇案。但警方事後調閱通聯紀錄發現，並無阿樂這個人，因此認其有煙滅證據及幫助犯持有槍枝罪，所以法官裁准羈押禁見。
至於楊男部分，全程否認犯行，辯稱與洪政軍是好友關係，會依要求載其外出。
法官認為本案共犯孔祥志、洪政軍均逃匿通緝中，涉及持有槍枝之共犯，涉及藏匿人犯之涉嫌人均未到案，案情仍待查明釐清，而被告有逃亡、勾串共犯證人之虞，因此裁定羈押禁見。
88槍擊案槍手孔祥志，因涉嫌違反槍砲彈藥刀械管制條例、恐嚇罪等，已發布通緝；經查同樣在逃的指揮共犯洪政軍（綽號「紅龜」）因重傷害等案件遭通緝，更涉嫌驅使孔祥志犯下學甲88槍槍擊案，警方持續追緝洪、孔等2嫌行蹤。
