黃國昌指出，衛福部對外新聞稿，以及送到立法院衛環委員會的專案報告，都提到從去年12月11日開始，已經針對中國辣椒粉進行100%逐批查驗，但根據衛福部後來的公告，今年1月1日、1月24日、2月1日、2月17日都還有廠商違法輸入，產品流入到市場後，被查出含有蘇丹紅，究竟衛福部聲稱的「100%逐批查驗」是真是假？
對此薛瑞元表示，當時「100%逐批查驗」的命令下去之後，食藥署在海關的同仁原先以查驗農藥為主，可能因此認為是「100%檢驗農藥」，而蘇丹紅「並沒有」100%，造成有2批進口遺漏。
「這是我們的錯啦！」薛瑞元坦言，是衛福部高層這邊指令不夠明確，讓基層的同仁以為是農藥100%檢驗。
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此外黃國昌指出，另2批關於蘇丹紅粉的違法進口，衛福部回函稱，因「連續五批逐批查驗檢驗符合規定，依《食品及相關產品輸入查驗辦法》第10條第1項第2款規定，查驗方式改採加強抽批查驗。」
吳秀梅表示，在邊境的檢驗，如執行「100%逐批查驗」，若連續5批合格，就會降級，這是本來的程序。但黃國昌說，衛福部對大眾的新聞稿及給衛環委員會的報告中從未提及此事。
薛瑞元則承認，蘇丹紅案不能用「常規」來看待，現在已明確列出9種不應出現在食品中的添加物，也坦言應適用《食品及相關產品輸入查驗辦法》第10條第2項，在查驗上不應該降級。
黃國昌肯定薛瑞元面對錯誤的態度，並呼籲衛福部查明，為何在爆發食安風暴時，給第一線的指令會出差錯，「一定要搞清楚，絕對不能再犯！」
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