疾病管制署說明，基於保護國人健康立場，政府自2020年起即積極洽購包括BNT在內的各種疫苗，亦採取多元外購與國內研發雙軌並行方式，以取得足夠疫苗數量，並儘速提供民眾接種。惟與BNT公司於2021年1月8日合約簽署最終階段，因政治外力影響合約簽署，致簽約無疾而終。
而2021年6月，鴻海永齡基金會、台積電及慈濟基金會表達願意捐贈BNT疫苗後，考量COVID-19疫苗為緊急授權藥物，疫苗藥害追償風險高，原廠只願意與中央政府交涉採購及簽約，以確保疫苗供應、分配、品質及安全等無虞，政府亦成立專案小組積極協助採購，處理相關法律問題及緊急授權許可，完備相關程序，方能提供民眾安全有效的疫苗，絕無阻擋。
另針對新冠高端疫苗採購，疾管署指出，COVID-19疫情流行之初，全球疫苗的產能尚未擴充至足以供應各國需要，世界大國以投資方式超額採購，致使多數國家難以與歐美等國家競爭。為獲得安全有效的疫苗，我國採取多元外購與國內研發雙軌並行方式進行採購疫苗，並與世界各國一樣積極推動輔助國產疫苗開發。
疾管署表示，後續以國際EUA核准標準且後來其他國家(如歐盟、韓國等)也採取免疫橋接法核准高端COVID-19疫苗。依台灣COVID-19疫苗大數據，顯示接種高端COVID-19疫苗對於預防中重症、死亡具有保護效益。採購程序皆符合政府採購法等相關法令規定，過程中亦接受立法院、審計部及監察院之監督、查核和約詢。
疾管署強調，針對疫苗採購與接種推動，均秉持專業且以全民健康福祉為優先，並已多次澄清說明，對於仍有不實言論深表遺憾，盼外界能本於事實評論，共同維護國人健康安全。
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