黃軒說，根據研究，筷子上的細菌菌落數平均為25,610CFU，最高可達30,128CFU，致病菌檢出率為5%。中國遼寧省人民醫院微生物室研究指出，於廚房使用2年後的木質筷子，含菌落數為每平方公分16.3，而使用近2個月的金屬筷子，所含菌落數僅為每平方公分0.7。 代表，木質筷子較容易藏汙和繁殖細菌。
而台灣也針對4種材質的筷子分析「清洗乾淨後的含菌量」，結果發現 :不鏽鋼筷的含菌量最低竹筷和仿瓷筷子含菌量相近，分別為350、310(遠超過標準值的200隻)木筷的含菌量則為600，比標準值高出3.3倍！
黃軒指出，若有條紋的竹筷，其含菌量竟然高達13,000！不但比一般竹筷多了37倍，也比馬桶蓋骯髒7～8倍。他解釋，木筷子在潮濕的狀態下，也可能會比較容易有發霉和細菌繁殖的情形。
黃軒並說明，筷子上細菌的來源包括口腔細菌、食物殘渣、環境細菌。驚人的是，筷子在使用過程中接觸到空氣和環境中的細菌，這些細菌也可能在筷子表面存在。在潮濕的環境下，細菌繁殖速度約20分鐘就會增加1倍。
「用一次性筷子(衛生筷)，就比較衛生？」黃軒指出，研究發現衛生筷子的細菌檢出率為97.5%，與普通筷子的細菌檢出率（97.0%）並無顯著性差異。但與普通筷子相比，一次性筷子(衛生筷)的硫化物的化學含量均較高。 他呼籲還是「不要用衞生筷子，又髒又毒！」
黃軒建議，清洗筷子時應仔細清洗，避免殘留食物殘渣和油渍，並且應該每次清洗後將筷子放在碗架上散開晾乾，再將「筷尖朝上放進筷筒」，並且筷筒應該豎立放置，避免筷尖沾染筷筒底部的細菌。
黃軒還說，筷子應該存放在通風乾燥的地方，以防霉菌污染，並且最好每周清洗消毒一次。如果家庭經濟可以，也建議可使用消毒櫃進行殺菌。也有專家建議，每1—2個月徹底煮一次筷子，高溫消毒效果好；每半年更換 一次筷子。
另外，使用金屬筷子也是一個好的選擇，因為金屬筷子不易出現裂縫滋生細菌。沒有任何凹槽或紋路的304號不鏽鋼筷子，也許是比較不容易有細菌滋生的。定期清洗、晾乾和消毒筷子，以及選擇適合的筷子材質，都是避免細菌滋生的重要方法。
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