疾管署說明，腸病毒A71型為最容易引起神經系統併發症的腸病毒型別之一，其疫苗為全病毒型不活化疫苗，於2023年取得食品藥物管理署核准上市，並使用2002年流行的B4基因亞型病毒株去活後製作，接種後腸病毒A71型疫苗，可預防幼兒感染造成重症之風險。
因此，AIPC專家建議，滿2個月至未滿6歲幼兒，如有接種需求，可至醫院診所洽詢，經醫師評估後自費接種，但也提醒，雖腸病毒A71型疫苗在血清抗體的體外試驗中，可交叉保護腸病毒A71型的不同基因亞型（如 B5、C4），但對於大多數的病毒型別，如克沙奇A16型、腸病毒D68型等，尚無疫苗可供預防，且未有證據顯示腸病毒A71型疫苗對於其他腸病毒型別具有交叉保護效力。
疾管署強調，即使接種腸病毒A71型疫苗，也無法確保不受其他型別感染，所以採行一般性的預防 措施，如加強個人衛生、注意環境衛生、避免接觸感染者、有疑似症狀應儘速就醫、於流行期避免出入公共場所等方法，才能避免受到社區內不同型別腸病毒之感染與侵襲。
目前腸病毒71型國產疫苗僅有高端、安特羅2間藥廠取得上市許可，2款生產過程均不含動物血清，適用年齡為2個月到6歲，但在接種方面，高端腸病毒71型疫苗於2個月至2歲需接種3針、2歲至6歲需接種2針，且間隔為56天，安特羅則一律為2針，間隔28天。
ACIP委員、台灣兒童感染症醫學會理事長黃玉成指出，高端整體的臨床試驗符合傳統三期，且免疫抗體維持是好的，不過在接種劑數規劃上比安特羅謹慎，因為擔心抗體不夠，要求2歲以下兒童接種要打3劑；安特羅的設計則都只有2劑，但2個月至6個月幼兒接種本疫苗之臨床證據較有限，可與家屬討論後決定何時（月齡）開始接種此疫苗。
此外，黃玉成提到，若想在接種腸病毒疫苗的同時，接種其他疫苗，高端有做臨床試驗、取得跟其他疫苗一起打的適應症，不過安特羅疫苗有排除同時施打，要和其他疫苗間隔兩週以上，且沒有同時打的臨床試驗數據，但委員會建議，學理上屬於不活化疫苗，學理上應可與其他常規嬰幼兒疫苗同時、不同部位接種，但想依據仿單間隔兩週以上再打也可以。
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