疾管署說明，新冠肺炎今年5/1起降階為第四類傳染病，指揮中心同步解編，但醫師發現符合臨床條件及檢驗條件之中重症病患仍須於24小時內、透過傳染病通報系統（NIDRS）網站或或運用醫院電子病歷（EMR）等方式通報。
此外，通報後依現行規定，確診個案經醫師評估有隔離治療之必要時，可住院隔離治療，並由醫療院所填具「法定傳染病隔離治療建議書」，經醫療機構所屬之地方主管機關認定後，由地方主管機關開立紙本「嚴重特殊傳染性肺炎隔離治療通知書」等相關文件送達病患或其家屬。
針對通報時限與紙本作業對一線醫療人員帶來眾多壓力，疾管署發言人羅一鈞表示，指揮中心成立期間，以權宜方式改為電子開立隔離治療通知書等相關文書，但此類文書需要確認民眾是否收到、了解內容，疫情間只要電郵未被退回，即認為民眾收到資訊，人權團體可能會覺得便宜行事，指揮中心解編後，權宜措施去任務化、回歸常態，若要延續電子開單，涉及法規，有提案於《傳染病防制法》中增修相關條文，納入相關法源依據。
羅一鈞進一步指出，現階段會先就24小時通報時間限制先做處理，目前已經在跑程序，預計6/1會公告放寬通報時效與開單時間為72小時，讓醫療院所不用週末加班處理相關工作，另6月初也會請專家會議討論，是否進一步限縮新冠肺炎併發中重症個案隔離條件，或是依照一般感控隔離措施即可。
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