台灣受試者保護協會、台灣女人連線、台灣社會心理復健協會、台灣勞工陣線、吳榮達律師等民間團體日前召開記者會指控，《再生醫療法》等同意醫院可以成立營利性的再生醫療生技醫藥公司，形同鼓勵醫院不當獲利、鼓勵病患選擇昂貴、療效不明、卻必須自費的再生醫療，形同花自己的錢做白老鼠。
對此薛瑞元表示，這樣的說法有很大的誤會，很多並不是實際從事再生醫療的學者專家提出疑慮，是因為再生醫療技術不像一般化學藥品新藥做的臨床試驗，無法用雙盲的隨機方式進行，更不可能在健康的人身上進行，人體試驗方式與一般化學藥品不同，但不代表沒有第三期人體試驗。
薛瑞元解釋，再生醫療技術常常會遇到需要配合患者客製化的治療方式，所以與傳統的藥物使用顯有差異，但經申請核定的醫療技術或是製劑，都一定是先經過人體試驗才有足夠數據、證據提供給申請後的審查，沒有說未經過人體試驗就直接申請或是用到病人身上。
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