新冠肺炎疫情於2019年底爆發後，台灣旋即在次年2月底訂定「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」，作為緊急應變新冠肺炎疫情的法律依據，囊括特別預算使用、醫事與防疫相關人員的獎勵措施、遭隔離民眾的補償辦法等內容，有效時間長達4年、但也將於今年6/30期滿，屆時將不再具有任何效力。
為銜接特殊條例，傳染病防治法也必須在今年6月底前完成修法，也是莊人祥在接任疾管署長之際，被指派的重大任務之一，而相關修法草案已在去年12月底公告，接受《壹蘋新聞網》專訪時，莊表示，目前傳染病防治法修法草案已經送入行政院進一步審議，也緊鑼密鼓希望召開會議，讓相關條文能到立法院審理，若修法未能及時完成，最直接衝擊的就是民眾的補償措施。
依據特殊條例規定，民眾自受隔離或檢疫結束日起，2年內都能申請防疫補償金，且因執行本條例防治工作，感染嚴重特殊傳染性肺炎致傷病、身心障礙或死亡者，中央衛生主管機關應予補償、補助各項給付或其子女教育費用。
針對民眾的相關補助與補償措施，莊人祥表示，特殊條例原訂2年內都能提出申請，因此6/30後，民眾應該還是能來申請才對，但因特殊條例失效，屆時將缺乏法源依據，故本次在修法內容中新增相關條文。
另針對疫情中備受爭議的指定治療隔離通知書相關內容調整，莊人祥表示，以前相關隔離訊息是以簡訊等方式發送，但疫情間陸續出現電子文件等方式，因此在本次修法中也一併修正。
此外，針對多次成為多方衝突關鍵的疫苗採購問題，莊人祥說，新冠肺炎疫情也突顯「緊急疫苗採購」與「常規疫苗採購」之間的不同，故增訂相關規定，在常規情況下，疫苗採購需要經過衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)的會議預先評估規劃，但在新興傳染病疫情期間，透過此方式明顯有其不足處。
莊人祥解釋，新興傳染病流行期間，很多疫苗其實在獲得緊急授權(EUA)前就必須先下單採購，完全是突發狀況、無可預見性，所以無法由ACIP在前一年採購規劃，故本次修法希望在中央流行疫情指揮中心成立期間，若經指揮官指示採購疫苗，可依照採購法規範執行、採「緊急採購」做法處理，不需經過ACIP會議評估。
然而，距離條文失效已經剩不到3個月，對於能否來得及完成修法，莊人祥語帶保留表示，理想上還是希望6月底之前能完成修法，如此一來特殊條例中特有的部分措施才能夠延續下去；至於未能及時完成修法時的過渡應變措施，他僅表示，「要看到時候(的情況)」。
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