郭台銘近期因不滿台灣遲遲沒有採購BNT次世代疫苗而槓上中央流行疫情指揮中心，強調應給民眾更多選擇、避免混打風險，被衛福部長薛瑞元形容說詞像BNT推銷員，指揮中心也表示，曾設法與BNT、上海復星討論，能否將原先剩餘的疫苗配額換為次世代疫苗，卻遭公司端拒絕，而莫德納公司合約有提供此彈性，且劑量充足、安全性足夠，故目前BNT次世代疫苗相關採購仍在評估中。
針對相關疫苗爭議，上海復星今晚發布新聞稿指出，已於12月4日向臺灣相關部門提交了面向5至11歲兒童群體的BNT次世代疫苗的緊急使用申請，在公司和疾管署簽署的採購合約框架下，未來訂單都是可以換成BNT次世代雙價疫苗，早日讓臺灣民眾用上急需的疫苗。
對於上海復星的政策轉變，指揮中心表示，指揮中心曾於今(2022)年10月7日詢問BNT及復星公司，能否將尚未到貨之110萬劑兒童劑型疫苗換為次世代疫苗兒童劑型，當時復星公司回覆無此彈性。今日對於這樣的政策轉變，指揮中心表示感謝。
指揮中心強調，現今國內次世代疫苗尚有400萬劑，次世代疫苗訂單也仍有1500萬劑可供使用，依照每日疫苗接種人數僅2至3萬人次計算，庫存量尚且充足。未來若有需求，一定會將BNT次世代疫苗列入明年疫苗採購考量。
關於BNT申請5至11歲兒童的次世代疫苗緊急授權一事，指揮中心發言人莊人祥表示，目前相關案件仍在審核中。
指揮中心呼籲，接種次世代疫苗追加劑對BA.5等變異株仍具保護力，可降低因感染COVID-19造成之重症、住院或死亡風險，請民眾儘速接種。
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