台北市議會曾下但書要求，若共機、共艦持續擾台，不得動支雙城論壇預算。然柯文哲仍堅持於7月19日舉辦雙城論壇，議會要求相關經費由市府自行處理。柯文哲妻子陳佩琪也曾秀出柯的薪水存戶，要柯自行取用。柯文哲8月出席市政總質詢時則回覆，主計處已發函詢問主計總處，「不會給下任市府製造麻煩，我們再想想看怎麼處理。」
然離柯文哲卸任前兩周，雙城論壇經費仍以公共關係大陸事務費用完成核銷，且不只一開始的95萬，最後經額為107萬9802元，包含雙城論壇會務委辦費92萬6396元、論壇特製悠遊卡費3萬7500元、防疫口罩費8820元、主視覺設計費8萬5680元及行政雜支費2萬1406元等。
北市府秘書長陳志銘回應，中央回函由市府權責處理，一切按照程序走。
國民黨台北市議員徐巧芯今早受訪時批評，已經說好要自己負擔就要自己負擔，但書由台北市議會共同決議，當時也得到北市府同意才執行，錢還是要自己埋單，不要用全民公款較合適。
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