針對柯文哲回到台大一事，校方表示，借調期滿，歸建醫學院，擔任醫學系外科教授一職，並不會有行政職；至於未來工作內容，則會討論過後再作安排。
至於擔任國立大學教授，又身兼民眾黨主席是否可行，台大回應，政黨不是營利事業，也不是政府機關，柯文哲可以向學校申請兼職，由學校來決定是否同意。目前尚未收到相關申請。
根據台大醫學院院務會議紀錄，柯文哲仍隸屬外科部，職稱教授，只是2014年12月25日至2022年12月24日借調台北市政府市長，對此吳明賢今出席活動時受訪表示，借調期滿回來很常見，等柯回歸後，外科部會再分配工作，而該院醫師主要工作是「教學、研究、服務」，但柯去當市長前，已沒有擔任行政職務，就是單純的教授。
台大醫學院院長倪衍玄則說，接下來安排得問柯文哲本人，看他的意願；柯12月24日借調期滿，12月25日是周日，所以12月26日報到，他應該有很多想法，就等他回來後再來討論、安排。
台大醫院創傷醫學部主任胡瑞恆則指出，柯文哲雖'回來台大醫院，但1月底就屆齡退休，而公務人員退休一定要先前回到本職才能退休，從台院退休後還是可以去其他醫院服務，醫師執照每6年更新一次，就看他的醫師執照有無到期、到期後有無更新。
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