民進黨今年全面潰敗，只能退守北港溪以南，而柯文哲強力支持的黃珊珊也未能如願當選，柯也在臉書指出，蔣萬安先生贏得台北市長的選戰，自己已經打電話給他，希望盡快指定雙方PM，進行局處對局處的交接，不因為市長的轉換使台北市政有所延誤。同時也致電陳時中先生，跟他說聲辛苦了。
對於黃珊珊落選，柯文哲則說，「仍然感到遺憾」，因為黃有優良的從政經歷跟熱忱服務的精神，在藍綠兩大黨的夾擊下，還是能以無黨籍身分拿下34.2萬票，真的不容易。柯也讚，黃珊珊一路堅持用理性、平和的態度，提出最可行的政策，贏得許多中間選民的心，這更不容易，也代表台北市的第三勢力正在壯大。
柯文哲也表示，黃珊珊還非常年輕，相信她的理想、熱情不會因一時的敗選就消失，相信她會一本初衷，繼續為人民服務。而自己8年來的努力跟政績，沒有辦法獲得市民肯定來繼續支持黃珊珊，自己必須反省檢討。
柯文哲指出，台灣就像一個小小的院子，裡面有藍、綠兩棵大樹，在地上遮天蔽日，地底下盤根錯節，其他的植物很難生存。但過去8年，已經在這個院子的一個角落，做一場政治實驗，讓藍綠白橘各種顏色都能不分黨派在市政府為人民服務。今年雖然無黨籍的黃珊珊沒有辦法順利當選，仍然希望這種精神與文化可以繼續運作下去，不要重回藍綠惡鬥的政治生態。
至於新竹市最終高虹安挺過難關，成為竹市首任女市長，對此柯文哲強調，在新竹市，高拿下了將近十萬票，必須要說，這是一場捍衛價值的選舉，新竹人民戰勝了各種暗黑力量，不讓鋪天蓋地的抹黑，抹去理性、務實、科學、中道的力量。
柯文哲說，要特別感謝我故鄉的選民對台灣民眾黨的支持，讓代表台灣民眾黨參選新竹市長的高虹安，在種種負面攻擊下有奧援，讓她愈挫愈勇。希望負面選戰、選舉操弄到此為止，相信高一定會兢兢業業，打造新竹成為全球的科技城市。
最後柯文哲表示，這場選舉告訴我們，對於民意一定要心存敬畏，水能載舟、亦能覆舟。他們第一次面對地方基層選舉，的確經驗不足，但會更加努力、團結，繼續深耕地方、認真傾聽民意。這次選舉不是終點，而是改變的起點，希望台灣變得更好。
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