台大「新海研一號」9月底至東部海域進行科研調查時，因來到與日本經濟海域重疊處，遭到日方驅離，稱未經同意不於日本專屬經濟海域進行科研活動。
不過當時雙方主張為各自專屬海域，後我國海巡艦到場廣播協助，對峙約10小時，直至「新海研一號」晚間離開後日方才駛離。
今在立法院教文會進行國科會預算審查，無黨籍立委黃國書也詢問國科會是否掌握此事件？國科會主委吳政忠也回應「全程掌握」，強調做科學研究出海前，都有和海巡署報備、經核定後才去，並感謝海巡署協助相關動作。
黃國書表示，2019年之前我國與日本都定期召開台日海洋事務合作對話，針對海上安全合作、海洋科學調查等相關學術交流建立機制。
不過黃國書提到，今年其實已發生過好幾次類似衝突事件，國科會是否與日方協談經濟海域重疊處可讓我國進行科研活動？有無思考重啟台日海洋事務合作對話？黃呼籲，若對話停止應尋求途徑建立相關交涉機制，並說「國科會看起來沒有積極作為」。
黃國書進一步說，這次「新海研一號」事件甚至還是由中國外交部幫台灣交涉，主動要求「不能干涉中國在該海域從事科研」，認為中國是在吃豆腐，詢問國科會立場為何？
對此，吳政忠回應「這是台灣自己的事」，指中國沒有權利去幫我們維護，且台灣的海巡艦也立即去保護新海研一號，國科會及相關外交單位都會處理，未來疫情更開放，也會持續積極和日方交涉。
黃國書也提到，據國科會統計，我國研究船航行作業期間，近5年就被他國公務船干擾11次，其中2次更被中國公務船尾隨跟蹤。
黃國書表示，這樣的騷擾情形恐對我國海洋研究帶來影響，呼籲因應情勢加強海研船相關通報和管理；吳政忠也說，海研船出去前都有開會討論，會與外交部、海委會、海巡署聯繫，承諾一個月提出報告。
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