呼吸治療師自救小組、台大醫院工會、北市聯醫工會、國軍高雄總醫院左營分院企業工會，及台灣醫療工會聯合會等團體今上午共同召開記者會指出，衛福部用來計算津貼日數的緊急醫療管理系統，根本無法正確計算呼吸治療師照顧的病人日數，即使呼吸治療師持續多天協助治療病人，但僅有第一天獎勵，第二天以後便被認為「無風險」而無獎勵。
工會怒批，衛福部號稱每周更新津貼發放細節，實際上根本沒有更新資訊，治療師根本被吃霸王餐卻又求助無門，且台大醫院曾對內公告，指稱「政府發放金額落差太大」，導致無法發放，甚至有台北市知名醫學中心明明收治許多重症患者，卻被衛福部認定能請領的獎勵金額為0，呼吸治療師如果認為數字不合理 ，也無從進行查證和申訴。
因此，自救小組與工會團體指出，衛福部發放的金額與臨床照顧狀況明顯有落差，必須向基層完整說明，並建立申訴機制及窗口，將合乎獎勵條件的清冊提供呼吸治療師確認有無短發，包括各級醫院和呼吸照護病房，且現行獎勵發放爭議，為求符合基層利益，必須召開會議邀請工會來研議正確的作法。
對於工會團體的呼籲，衛福部回應，截至今年11月8日，已核發491家醫院獎勵費用、醫事人員與相關人員津貼及補償共427.83億元。其中慰勉呼吸治療師親自執行COVID-19病人呼吸器插管、調整、抽痰處置所產生的飛沫感染風險，核發180家醫院重症患者照護獎勵費用計5.42億元。
此外，衛福部表示，透過於24小時內完成通報法傳系統、緊急醫療管理系統、醫院每日上傳呼吸器使用情形與健保上傳醫令碼等，比對各醫院資料，計算並核發獎勵費用，且發放進度定期公告於官網的嚴重特殊傳染性肺炎專區，而醫院或相關人員對於津貼及獎勵費用發放落差有疑義時，也可透過專區所列各項津貼及獎勵費用諮詢電話提出申訴。
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