綜合日媒報導，目前包括園區內的水上廣場、大屋頂環形建築及展館周邊，遭到大量搖蚊侵擾，讓不少遊客感到困擾。許多遊客也透過社群分享，搖蚊大軍充斥在各個角落，無論是園區的木柱、雕像，甚至是正在營業中的商家，讓遊客相當驚慌。
專家則指出，「搖蚊」喜歡在河流、水渠等有水的環境產卵，主要於黃昏至夜晚活動，且經常聚集在燈光周圍。雖然不像普通蚊子會叮咬、吸血，但若不慎吞食可能引發過敏反應。
世博副事務總長高科淳20日公開表示，大批蚊蟲確實影響部分遊客的參觀品質，園區現已啟動防治措施，包括於積水處噴灑防蟲泡沫劑、入口安裝大型噴霧器，以及為展館、商店配發捕蚊燈與殺蟲劑等等。大阪府知事吉村洋文也宣布，當局將攜手民間企業推進搖蚊防治工作，並已聯繫藥廠尋求協助。
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