《菸害防制法》修正後，加熱菸的主管機關明確定為國健署，關於海關協助暫存查扣的貨品，等地方政府衛生局完成調查後，代為銷毀，經過關務署與國健署兩邊會議研商後，決議海關不代為銷毀。
也就是說，3月新制上路至5月底，海關查扣2萬6713條加熱菸，須由國健署自行處理。
至於民眾誤解個人要花200萬元才能領回走私入境的加熱菸，根據《菸害防制法》，可申請加熱菸進口的是業者(跨國菸草公司)，並非個人。
海關自2017年至今已查扣約1700萬支加熱菸。修法之前查扣的加熱菸為違法商品，海關可自行銷毀。
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