2016年之後，智慧局多次透過兩岸協處機制向對岸對口單位反應，但對岸卻以「逕行更改我方申請人名稱」或「專利申請案不予受理或核駁」的方式，要求我國的專利申請者，讓許多需要保護商業創新、專利技術的企業跟發明人，都感到遺憾與無奈。
經濟部指出，由於專利權的效力採屬地主義，因此我國取得的專利權效力，僅及於我國管轄範圍，若要於境外取得專利權保護創新技術，發明人或專利申請權人必須向境外管轄的專利專責機構申請專利。
但中國的國家知識產權局常以「逕行更改我方申請人名稱」或「不予受理或核駁」為手段來矮化台灣，許多申請人為避免技術被侵害、保護自有的創新技術，仍必須向對岸官方申請。
智慧局已多次向對岸對口單位反應，呼籲在野政黨應團結一致，共同向對岸發聲，反對這種矮化台灣的作法。
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