吳博君在70年代加入TVB，專演市井小人物、反派等配角，包括1996年版《笑傲江湖》桃谷四仙之一、黃日華版《天龍八部》的風波惡、陳小春版《鹿鼎記》吳三桂麾下武將楊溢之等，因有武術基礎，擅長洪拳、少林拳，早年也從事替身工作，例如劉德華拍攝電影《魔域桃源》時，有一幕從2樓跳下的危險戲份，就是由吳博君代替拍攝完成。
1997年受金融風暴影響，吳博君被TVB裁員，為維持生計，他曾當酒樓、寫字樓清潔工、麵包師傅等，無奈造化弄人，2018年3月他在家中突感四肢乏力，就醫證實罹患運動神經元疾病，即俗稱的漸凍人，患有先天小兒麻痺的妻子因而辭職全天候照顧他，後期聘請外傭分擔，但如廁、洗澡等仍需妻子協助。每月1萬多元的照護開支，令吳家經濟備感壓力，劉德華、張衛健、古天樂、趙雅芝、王祖藍等多名藝人都曾伸出援手。
遺孀今對《香港01》表示，吳博君在診斷出漸凍人症之前就已簽下遺體捐贈，「他覺得人走了，身體也沒有什麼用了，但既然是沒什麼用的東西，能讓它變得有用就是最好的」，於是她依照丈夫生前交代的心願，安排他出院回家度過最後時刻，本月14日完成天主教喪禮後，便送往中文大學成為無言老師。
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