45歲的椎名林檎在2000年與樂團吉他手彌吉淳二閃婚並生下1子，短短2年便離婚，彌吉淳二已於2018年病逝享年49歲。椎名林檎離婚後，與合作多次的MV導演兒玉裕一交往，發展「事實婚」關係，兩人目前育有2個小孩。
椎名林檎昨現身有働由美子和松下洸平主持的《with MUSIC》節目，被問到小孩幾歲了，她大方回答：「最大的22歲，最小的小二，中間的是小五。」主持人又問：「會做便當或早餐、晚餐嗎？」她表示大致上會做，「反正就是想加入這種營養的感覺」。
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