蕭菊貞是清華大學通識中心與人文社會學院副教授，她最初想拍的是「從鐵道文化認識台灣」，但當時資源不足，正當思考著要不要放棄時，不少熱愛鐵道的朋友紛紛推薦她「趕快去拍南迴」。原來在2017年時，台灣環島鐵路最後一段電氣化工程已經準備在南迴鐵路啟動，這時要用影像為即將產生變化的鐵道地景和老火車留下紀錄是稍縱即逝的挑戰，於是蕭菊貞毅然決然帶著團隊前進島嶼南方。
《南方，寂寞鐵道》挖掘出了南迴鐵路的故事，還有沿線聚落的變化，以及前線鐵道員不為人知的生死挑戰，成為台灣首部以鐵道員故事保存鐵道文化的紀錄片。《南方，寂寞鐵道》也留下了台灣重要的人文歷史紀錄，像是客家族群居多的「鐵道員生態」、國王號蒸汽火車第一次行駛南迴鐵路，以及藍皮普快車等舊型列車的身影等等，甚至是南迴沿線車站改建前的車站建築等等，隨著鐵路電氣化工程的完成，片中許多內容和影像都已經成為歷史畫面。
南迴鐵路的拍攝過程充滿挑戰，除了地勢險峻、深山無訊號等挑戰不斷，此外南迴班次少，為了捕捉好畫面，攝影團隊經常需要「翻山越嶺1小時，只為拍攝10多秒鐘」。不只列車速度難以捕捉，記錄鐵道員前線工作，也是技術與體力的考驗，例如拍攝司機員值勤，得要擠在狹窄的火車頭幾個小時，都是團隊需要克服的挑戰。
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