高慧君清楚記得去年10月8日，她早上一覺起來，左右眼瞳孔變成一高一低，她先去家醫科就醫，再轉診到台大腦科，確定不是腦中風引發，再往眼科，醫生診斷出典型甲狀腺引起眼疾後，再轉風濕免疫科，最後再回眼科門診。總之，前半年她「層層關關跑醫院」，也接受筋膜老師調理甲狀腺數值3個月，雙管齊下治療。
突然病發讓她陷入低潮，「我覺得對不起我媽，為什麼我的身體會搞成這樣」？之後她告訴公司病情，放掉所有工作，「那個過程是最痛苦的，我每天哭，想著我未來該怎麼辦」？如果不能再做最喜歡的演員，她到底還能做什麼，「我連Uber Eats都不能送，又不會騎車」，進演藝圈前她賣過靈骨塔，但現在也不用推銷，腦中不斷思考出路，邊哭邊想了兩周，決定放下這些念頭。
今年4月她原本就要開刀，但因甲狀腺眼凸的問題，先得解決眼凸後，休息3個月再處理斜視，之後她甲狀腺數值恢復正常，確定10月開刀治療，但她聽過有人得開兩次才好，是否擔心過開了也無法恢復過往，她說「如果開了不好，只是離開了最喜歡的工作，大不了回山上種菜養雞，我搞不好是一個很厲害的小農啊」。
只是從病發到手術等了1年，前一刻她竟打退堂鼓，其實她自認沉穩耐痛，應該可以克服局部麻醉的心理障礙，但一想到手術刀在她眼皮上就莫名害怕，不過她看到年長的阿姨伯伯都撐著拐杖來，心想長輩都可以克服了，「我也可以」，加上她禱告後增添信心，最後順利進行。
護理師事前叮嚀，若感覺到麻藥快退，就趕緊告知醫生，會再補打麻藥，但手術收尾時，她已感覺到痛，「我想上眼皮7針，下面應該也6、7針，忍一下就過了」，但萬萬沒想到會如此疼痛，手術針勾著她的肉，要拉要綁要割，她在麻藥退去時忍痛約10分鐘，時間過得格外漫長，「我不敢亂動，頭以下的身體都在顫抖，等我起來時，手術床都汗濕了」。
手術後，護理師看她流了滿身汗，問她熱怎麼不講，她回「不是熱，是痛」，立刻被念「沒有人忍這個痛」。也有民眾看到她換下濕掉的手術服，告誡她不能忍，萬一有心臟問題該怎麼辦？能忍這種痛也非常人，高慧君說演員有種厲害技能，像是在熱天穿毛衣、寒流穿短袖拍戲，「那是意志力的控制，開刀時我突然想到已忘記的《天主經》，開始一個字一個字找回記憶，去分散疼痛」。
開完後，她明顯感覺眼睛裡的異物感，前3天她彷彿戴上VR眼鏡，「每一個東西都變3D，就像坐船很久，在船上不會暈，到陸地上會暈」。總之習慣了單眼的距離感，恢復雙眼後一切得調適。此外，她更必須注意甲狀腺的數值，得補充甲狀腺素，每月驗血，盡量不搬重物、不碰水，基本上3個月是最完美的術後期。
她預計年底可以復工，目前先穩定休養，同時恢復52公斤的標準體重，還有10公斤要努力。生病的這1年，有酸民以她的經典歌曲《你最珍貴》酸她身材「嬸味足夠」、「你最珍重」，甚至看到她戴眼罩現身，批評「你覺得眼疾很好玩嗎」。但也有很多人為她加油打氣，「這些都是正能量，會集中讓這件事（康復）往很真實的方向，我就會好，就會慢慢康復」。
